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如果苹果手机上的短信应用被删除，可以尝试以下几种方法来恢复。
1、使用iCloud备份恢复：
如果之前开启了iCloud备份，可以通过恢复备份来找回短信应用，具体步骤如下：
进入“设置” > “通用” > “还原” > “从iCloud备份恢复”。
输入iCloud账号和密码，然后选择最近的备份时间进行恢复。
2、使用App Store重新下载：
打开App Store，在搜索栏中输入“短信”或“Messages”，然后在结果中找到官方提供的短信应用进行下载和安装。
3、使用第三方软件恢复：
如果以上方法无法恢复短信应用，可以尝试使用第三方软件来恢复已删除的应用，使用数据恢复软件扫描手机，找到已删除的短信应用并进行恢复，但需要注意，使用第三方软件可能存在风险，需要谨慎操作。
4、寻求苹果官方帮助：
如果以上方法均无法恢复短信应用，可以联系苹果官方客服寻求帮助，他们可能会提供更专业的解决方案来恢复已删除的短信应用。
需要注意的是，恢复短信应用后，之前删除的短信可能无法恢复，为了避免重要信息的丢失，建议定期备份手机数据。